房贷退税申报方式有通过扣缴义务人进行申报、综合所得年度自行申报两种，区别有以下几点：
一、申报对象
1、通过扣缴义务人进行申报：因为一般是由单位人事使用扣缴端软件获取到纳税人填写的专项附加扣除信息后进行申报，因此也只有固定单位的纳税人才能选择这种申报方式。
2、综合所得年度自行申报：所有纳税人都适用，比如像自由职业者、个体工商户等，因为没有专门的人士代纳税人申报房贷退税，或者是纳税人不想让其他人知道自己的信息等，都可以选择综合所得年度申报这种方式。
二、申报时间
1、通过扣缴义务人进行申报：因为是通过单位按月扣缴，也就是说除了大病医疗外，包括房贷利息支出在内的专项附加扣除，都是由单位在发放工资薪金时按月向主管税务机关申报。
2、综合所得年度自行申报：即由纳税人本人在当年对上一年的综合所得进行一次最终汇算，并且每年的申报时间也有规定，只能在次年3月1日~6月30日期间，对上一年度的申报了专项附加扣除后的年度综合所得进行申报，错过时间则不能再申报。
三、申报渠道
1、通过扣缴义务人进行申报：纳税人有两种方式申报，一种是在个税APP上填写好信息后由系统推送给扣缴单位，一种是纳税人将填写好的个税申报信息纸质或者电子表格提交给单位人事。
2、综合所得年度自行申报：即由纳税人直接向税务单位申报，由纳税人本人在个税APP后完成年度汇算后推送给税务机关；或者是由纳税人本人前往主要收入来源地的主管税务机关填写申请表后进行申请。
四、预缴税款金额
1、通过扣缴义务人进行申报：因为每个月都是扣除了房贷利息支出专项附加扣除后申报的，预缴税款一般和实缴税款一致，甚至可能不用预缴税款。
2、综合所得年度自行申报：即需要先缴税再退税，一般预缴税款会比实际纳税金额要多，但也可能会出现预缴税款比实际纳税金额少的情况。
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