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公积金贷款首套房和二套房的区别主要有：首付比例不同、贷款额度不同、贷款利率不同、其他方面的区别。
具体说明如下：
1、首付比例不同
一般来说，首套房公积金贷款的最低首付比例为20%，而二套房公积金贷款的最低首付比例为30%。
比如武汉、西安、杭州、广州等地区公积金贷款，二套房的最低首付比例都是30%，比首套房贷款首付更多，这意味着贷款购买二套房要准备更多钱才行。
2、贷款额度不同
虽然不同地区有不同的贷款额度规定，但首套房比二套房的贷款额度肯定更高，有些地区首套房和二套房贷款额度可能相差一倍以上。
比如：
（1）北京公积金贷款：首套房最高可贷120万，外迁购房贷款额度可上浮10-20万；二套房最高可贷60万，无上浮。
（2）上海公积金贷款：首套房，单人最高可贷50万，夫妻最高可贷100万；二套房，单人最高可贷40万，夫妻最高可贷80万。
3、贷款利率不同
首套房贷款利率：1-5年2.6%、6-30年3.1%。二套房贷款利率：1-5年3.025%、6-30年3.575%。
若是公积金贷款50万，分30年偿还，采用等额本息还款，那么首套房贷款利息约26.86万，二套房贷款利息约31.58万，两者利息相差4.72万。额度越高、期限越长，首套房和二套房利息差距越大。
4、其他方面的区别
比如拥有首套房公积金贷款的纳税人，在实际发生贷款利息支出的年度，可以申报住房贷款利息专项附加扣除，扣除标准：每月1000元，最多扣240个月。
那也就是说，有首套房利息支出的纳税人可以每个月扣减1000元后再缴纳个税，而二套房贷款的人就没有这项福利，这也算是公积金贷款首套房和二套房的区别。
温馨提示，公积金贷款其实有很多地区也在执行认房不认贷政策，比如广州、内蒙古赤峰等公积金中心都有说明，住房套数认定标准以家庭成员在当地的住房套数核算，不管公积金贷款次数。这样一来想改善住房的可以考虑换购，仍可以享受首套房公积金贷款政策。
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