组合贷款包含公积金贷部分和商贷部分，两部分各自执行不同的利率：
其中公积金贷部分是按央行规定的贷款基准利率来执行，而在央行公布的贷款基准利率当中，五年以上公积金贷款年利率为3.25%（第二套住房的贷款利率为基准利率的1.1倍）。
至于商贷部分，则以相应期限的LPR（贷款市场报价利率）为定价基准。关于LPR的报价，5年期以上为4.65%。而要加的基点数，则主要看承办银行的规定。
各地、各银行根据当地推行的政策以及市场情况，规定的基点数都可能会有所不同。
不过央行有明文指出：首套商贷利率最低不得低于相应期限的LPR；二套商贷利率最低则不得低于相应期限LPR加六十基点。各地、各银行可能会在此基础上进行一定调整，比如北京地区就规定：首套住房商业贷款利率最低不低于LPR+55基点；二套住房商业贷款利率最低不低于LPR+105基点。
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