一套房贷款和二套房贷款利率的区别主要是二套房贷款利率会更高。
若客户办理的是个人住房公积金贷款，那一套房贷款利率按央行贷款基准利率执行，在央行贷款基准利率当中，公积金贷款五年以上的年利率是3.25%。而二套房贷款利率是基准利率的1.1倍，也就是：3.25%×1.1=3.575%。
若客户办理的是个人商业性住房贷款，那利率是以最近一个月相应期限的LPR为定价基准加点形成（加点可为负值）。而中国人民银行规定了，首套商业性个人住房贷款利率最低为相应期限的LPR，二套商业性个人住房贷款利率最低为相应期限LPR加60个基点（一个基点等于0.01%）。
当然，关于商贷，不同地区、不同银行，设定的基点数都可能有所不同，比如北京规定的就是：首套商业性个人住房贷款利率不低于相应期限LPR加55个基点，二套商业性个人住房贷款利率不低于相应期限LPR加105个基点。
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