个税抵扣申报如果选择通过扣缴义务人申报，那么就是由公司进行代扣，这时候公司确实是可以查询到申报人配偶的信息。如果选择综合所得年度自行申报，这种情况是有申报人自己去办理汇算清缴，这时候公司是无法查询到个人配偶信息的。
如果比较注重隐私，可以选择综合所得年度自行申报。但这种方式的缺点在于，需要次年3-6月自己去税务局柜台办理结算，并且每个月都无法获得个税抵扣优惠。
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