新农合，一是只能农民才可以参加;二是必须以家庭为单位整户参加;三是新农合是一年一交费，一年一参合，参合本年度享受报销;四是因新农合基金筹措有限，保障力度略低;五是新农合为国家的政策，以解决参合农民“因病致贫、因病返贫”为最终目的。
社保中的医保就不一样啦，具有"低水平，广覆盖"的特点，缴费以低水平的绝大多数单位和个人能承受的费用为准，广泛覆盖城镇所有单位和职工，不同性质单位的职工都能享有基本医疗保险的权利。参保人员完成缴费年限后可以终身享受。其次基本医疗保险具有"双方负担，统账结合"的特点;以"以收定支，收支平衡"为原则。按统一标准享受待遇。
总的来说两者之间的区别可以说是新合作医疗费用便宜，与医保相比更具普及意义，更体现全民医疗;合作医疗的报销比值浮动很大，最后报下来肯定不如医保的报销高。
新农合和社保是有一定冲突的，我国也规定了这两者保险不可重复参加。也就是说并不能同时交。新农合和社保不能并存，是可以相互转化的。新农合只跟城镇居民医保、职工医保有冲突，国家规定不得重复参加，跟商业保险没有冲突，前三者都是国家的惠民政策，商业保险是以盈利为目的，国家没有相应的扶持资金，所以对公民来说可随便参加。
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