房贷专项扣除并不是夫妻各1000，而是夫妻每个月的总扣除金额是1000元，具体按照申报后的比例进行扣除，即选择由一方按扣除标准100%扣除，或者是由夫妻双方分别申报按扣除标准的50%扣除。
如果夫妻双方只有一方达到纳税标准，即每月收入5000元，年度收入6万元，则只需要由一方申报100%扣除，另一方可以不用申报；但如果双方都达到纳税标准，建议选择收入高的一方进行扣除，另一方则可以申报其他的专项附加扣除项目，包括子女教育、3岁以下婴幼儿照护、赡养老人、住房租金、继续教育、大病医疗等，只要有符合要求的项目也能抵扣个税。
注意，一旦房贷专项扣除提交了申报则在一个纳税年度内是不能进行变更的，如果要变更也得等到下一年的申报时间，因此在扣除比例上一定要谨慎选择。
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