结构性存款是受存款保险制度保护的，根据相关规定，结构性存款纳入商业银行表内核算按照存款管理，要求银行纳入存款准备金和存款保险的范围。简单理解就是结构性存款也按照普通存款一样管理，但与普通存款不同，普通存款是本金与利息都在存款保险制度的保障范围内。结构性存款只有本金享受保护，利息部分由于挂钩金融衍生工具，也就不享受存款保险制度的保护。
结构性存款既不是普通存款，也不是银行理财，而是兼具了大部分存款和少部分理财的功能。正因为如此存款保险制度保护的是结构性存款当中存款功能的部分，而不保障理财功能的部分，理财本来就是非保本保收的。所以存款人在承担一定风险的基础上获得更高收益，是完全合理的。
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