个人所得税住房贷款扣除比例有两种，分别是夫妻分别扣除50%和有丈夫或者妻子一人扣除100%。可以根据个人实际情况选择。具体操作方法如下：
1、登录进入个税手机APP，进入我要办税，点击扣除填报。
2、选择扣除年度，点击住房贷款利息。
3、填写好基本信息、房贷信息，点击本人是否借款人，选择是，点击确定。
5、点击扣除比例，选择是否和配额分别扣除50%，点击是或者否，最后点击确定。
6、选择好扣除比例之后，点击下一步，选择申报方式，进行提交即可。
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