支付宝长期医疗和住院医疗的区别如下：
1、承保公司不同：长期医疗承保公司为中国人保健康，住院医疗承保公司为众安保险；
2、最高保额不同：长期医疗一般疾病及意外医疗保险金为200万、100种重大疾病医疗保险金为400万，住院医疗保险金分别为300万和600万；
3、免赔额度不同：长期医疗免赔额每6年累计1万元，住院医疗每年1万元；
4、续保条件不同：长期医疗保证续保6年，住院医疗则不保证续保，需年审。
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