持有份额少于本金可能是以下两种原因：1、买入时的基金单位净值并不是1元；2、买入时扣除了手续费用。
首先，本金就是指投资者在买入时支付的资金；而持有份额是指指投资者在某个基金中购买的特定数量的份额，其计算公式为：
基金份额=（买入资金 - 手续费）/买入时的基金净值
例如，投资者购买了1000元的基金，该基金在买入时的单位净值为2元，手续费率为1.5%，那么可以计算出基金份额为：
（1000 - 1000*1.5%）/2=492.5份
此时，基金的持有份额为492.5份，而基金本金为1000元。由此可见，持有份额少于本金的情况主要是因为受到了单位净值和手续费用的影响。
需要注意的是，申购费用对基金持有价值的影响较大，建议尽量选择手续费率较低的平台进行基金申购。
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