灵活就业医保缺点主要如下：
1、缴费压力大
灵活就业医保属于职工医保，相应的缴费连续性和缴费年限要求都比较严格，并且以灵活就业人员身份进行灵活就业医保的参缴，相应的缴费比例高，每年的缴费基数也在不断提高，长期缴费灵活就业医保，会给参保人带来不少的缴费压力，断保风险也会有所提高。
2、可能无法建设个人医保账户
我国医保并没有实现全国统筹，各个地区有自己的医保管理条例，相应的灵活就业医保政策就会比较不一样，有的地区的灵活就业人员如果按照当地的最低缴费基数进行灵活就业医保的参保，是不会为其建设个人医保账户的，这也使得本来缴费就比较多的灵活就业人员不能够享受到相应的个人医保账户待遇，不是很划算。
3、部分地区存在参保捆绑要求
有部分统筹地区，参保灵活就业医保的同时，还需要该参保人同样捆绑参保灵活就业养老保险，而不是和其他地区一样可以选择只缴纳灵活就业医保，另外缴纳居民养老保险，参保自由度没有那么高。
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