公积金不能全部提取的原因有：
1、公积金提取情形限制
通常只有与单位终止劳动关系、正常退休、出境定居、职工死亡这四种情形下，才能提取公积金账户内的全部余额，同时注销公积金账户。
（1）与单位终止劳动关系
比如从单位离职了，该单位为职工设立的公积金账户将不再继续缴存，公积金账户封存满半年以上，就可以将公积金余额全部提取，并注销公积金账户。
（2）正常退休
比如男职工年满60岁、女干部年满55岁、女职工年满50岁，达到退休年龄，或者拿到退休证，就可以提取公积金全部余额，并注销公积金账户。
（3）出境定居
职工已注销国内户籍或出境定居，以后不会在国内缴存公积金了，自然可以提取公积金全部余额，并注销公积金账户，凭户口注销证明或出境定居证明申请即可。
（4）职工死亡
死亡职工的住房公积金余额将由其继承人或受遗赠人申请提取，职工都不在了，自然可以将公积金余额全部提取出来，凭职工死亡证明或户口注销证明、亲属关系证明等申请提取。
2、公积金提取金额限制
在还贷、租房、加装电梯等情况下，提取公积金的金额不得超过实际支出的金额，受金额限制，公积金不能全部提取。
（1）偿还房贷本息：提取金额通常不得超过“上次提取日至本次提取日”实际发生的还款金额。
（2）支付房租提取：要么按租房发票金额提取，要么按当地规定金额提取，比如上海最高月提取限额3000元。
（3）给多层住宅加装电梯：提取金额不超过该户分摊的自付费用金额，提取时要提供加装电梯费用分摊协议、支付凭证等。
3、公积金中心提取规定
在公积金正常缴存期间，公积金中心规定要保留一定余额，不能全部提取。全部提取通常是发生在公积金账户封存的情况下，要注销公积金账户才要清空余额。
比如长沙公积金就规定，购房提取公积金，不管是支付首付款还是全款，提取后公积金账户上至少要保留100元余额，这是硬性规定、不能全部提取。
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