六险二金是在工资里面扣的，因为根据《中华人民共和国社会保险法》第六十条:用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。所以在职职工的个人应缴费部分，由个人缴纳，由单位从应发工资中代扣代缴。
目前，根据相关规定，六险二金的个人缴费标准如下：
1、养老保险个人每月缴纳8%；
2、医疗保险个人每月缴纳2%；
3、失业保险个人每月缴纳0.5%；
4、公积金个人每月缴纳比例在5%——12%；
5、补充医疗保险个人缴纳比例在工资总额的4%以内；
6、企业年金个人每年缴纳比例在工资总额的4%以内；
7、工伤保险和生育保险由单位缴纳，个人每月不需要缴纳。
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