做肠镜医疗保险是否报销，还需要看实际情况：
1.如果是商业医疗保险，则若被保险人只是看门诊做肠镜检查，而不需要住院，那么一般只有门急诊险才能予以报销，其主要可对被保险人因为疾病或意外而发生的门诊急诊医疗费用进行报销。如果被保险人是在住院的时候需要做肠镜，属于合理且必要的检查治疗步骤，那么因此而发生的医疗费用，商业医疗保险一般都是可以予以报销的，比如百万医疗险就可以对被保险人因为疾病或意外而发生的合理且必要的住院医疗费用、住院前后门急诊医疗费用、特殊门诊医疗费用、门诊手术医疗费用进行报销；
2.如果是基本医保，则如果参保人是在看门诊的时候进行的肠镜检查，那么可以用医保个人账户进行支付，而不能用医保统筹账户报销。但是，如果参保人是因为较重疾病而住院，必须进行肠镜检查，则可以使用医保统筹账户进行报销。
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