经国务院批准，财政部决定从2008年9月19日起，对证券交易印花税政策调整为：只向出让方（包括继承、赠与、股权出让等情况）收取，印花税率仍保持1‰。
因此新三板的股票交易有印花税，和A股一样，都是按照成交额的1‰的税率，向卖出方收取。
新三板实施新规之后，权限分为一类交易权限、二类交易权限、三类交易权限，不同权限要求不一样。也分成了三个层次，分别是基础层、创新层和精选层。
个人开通新三板创新层和基础层的条件是：前10个交易日证券账户及资金账户内的资产日均不低于100万元、200万元，同时并具有2年以上的证券投资经验；（精选层已转移到北交所，门槛为50万，但在北交所上市之前，精选层开通权限依然为100万）
新三板上市首日没有限涨跌幅限制，从次日起，新精选层涨跌幅的限制为30%；创新层涨跌幅的限制为50%；基础层集合竞价层涨跌幅的限制为100%；在新三板挂牌终止后也无涨跌幅限制。
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