证券组合费是指香港中央结算有限公司根据中国证券登记结算有限责任公司名义持有账户每自然日日终港股持有市值，按逐级递减的费率标准，所计收的存管和公司行为服务费用。中国结算依据相同标准，对每个持有港股的A股证券账户进行收取。证券组合费＝所持港股通股票市值×年费率／365。因此，港股通组合费每天收取。
其中，费率根据投资者持有港股的市值不同，其收费标准有所差别：
持有港股市值小于或者等于500亿港元时，其年费率为0.008％；大于500亿港元，且小于或者等于2500亿港元时，其年费率为0.007％；大于2500亿港元，且小于或者等于5000亿港元时，其年费用率为0.006％；大于5000亿港元，且小于或者等于7500亿港元时，其年费用率为0.005％；大于7500亿港元，且小于或者等于10000亿港元时，其年费用率为0.004％；大于10000亿港元时，其年费率为0.003％。
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