在债券市场中，储蓄国债电子式和凭证式国债的申购手续不同、债券记录方式不同、付息方式不同、发行对象不同、承办机构不同。
申购手续不同：
储蓄国债电子式需开立国债账户并指定对应的资金账户后购买。而凭证式国债可以不开设账户直接用现金购买。
债券记录方式不同：
储蓄国债电子式的记账方式为电子记账，由各承办银行总行和中央国债登记结算有限责任公司统一管理。而凭证式国债的记账方式为中华人民共和国凭证式国债收款凭证，由承销银行和投资者进行管理。
付息方式不同：
储蓄国债电子式的付息方式有按年付息品种，也有利随本清品种方式。而凭证式国债为到期一次还本付息。
发行对象不同：
储蓄国债电子式发行对象仅限个人，机构不允许购买或者持有。而凭证式国债的发行对象可以是个人，也可以是机构。
承办机构不同：
储蓄国债电子式的承办机构是由经财政部会同中国人民银行确认代销试点资格的商业银行且已经开通相应系统的营业网点承办销售。而凭证式国债由各类商业银行和邮政储蓄机构组成的凭证式国债承销团成员的营业网点承办销售。
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